서해 공무원 피격 사건을 수사하는 검찰이 16일 박지원 전 국가정보원장, 서훈 전 국가안보실장, 서욱 전 국방부 장관 자택과 국방부·국가안보실 등을 동시 압수수색했다.

서울중앙지검 공공수사1부(부장검사 이희동)는 이날 박 전 원장·서 전 실장·서 전 장관의 자택, 국가안보실·국방부 예하 부대·해양경찰 등 사건 관계자의 주거지 및 사무실 등 10여곳에 검사와 수사관을 보내 이 사건 관련 증거물을 확보하고 있다.

박 전 원장은 해양수산부 공무원 이대준 씨가 2000년 9월22일 북한군에 피살됐을 당시 상황에 대한 첩보 관련 보고서 등을 무단 삭제한 혐의를 받고 있다. 국정원은 이씨가 “대한민국 공무원이다. 구조해 달라”는 취지로 북한군에 말하는 감청 내용이 담긴 첩보 보고서를 작성했는데, 박 전 원장이 이를 무단으로 삭제했다는 자체 조사 결과를 내놓기도 했다. 서 전 실장은 이씨 유족으로부터 직권남용 등 혐의로 고발됐다.

서 전 장관은 감청 정보 등이 담긴 군사 기밀 삭제를 지시한 혐의를 받는다. 국정원 등은 이씨 사망 다음날 두 차례 열린 관계장관회의 전후 국정원 및 국방부 군사통합정보처리체계(MIMS·밈스) 내에 기밀 정보가 삭제된 것으로 보고 있다. 당시 회의에는 서 전 장관을 비롯해 노영민 전 비서실장, 서훈 당시 국가안보실장, 박지원 전 국정원장, 이인영 전 통일부 장관 등이 참석했다.

서 전 장관은 국회 국방위원회에서 실종 사건을 처음 보고받은 뒤 ‘월북 가능성을 잘 보라’는 취지의 지시를 내린 것으로도 나타났다.