정부·여당과 갈등을 벌이고 있는 일본학술회의가 강조하는 가치는 학문의 독립성이다. 일본학술회의법에는 “학술회의는 정부로부터 독립해 직무를 수행한다”고 규정돼 있다. 이는 학문이 사회적 책임을 제대로 수행하기 위해서는 국가 권력으로부터 독립할 필요가 있다는 생각에서 비롯됐고, 선진 각국에서 폭넓게 공유되고 있다. 각국 학술 단체로 구성되는 ‘국제학술회의’도 정부로부터의 독립성을 가입 조건으로 한다.

학문의 독립성을 강조하는 이유는 공동체가 직면한 위기에서 장기적이고 근본적인 대응책을 내놓을 수 있기 때문이다. 가령 기후변화나 전염병의 만연 등과 같은 불확실성 속에서 정치나 경제의 관점으로만 판단하면 잘못된 정책을 내놓기 쉽다. 이 때문에 각국 학술 단체는 회원 선발을 자체적으로 하는 것을 중시한다. 미국의 전미과학아카데미(NAS), 영국의 왕립협회는 회원 투표로 회원을 선발한다. 일본학술회의나 프랑스 과학아카데미는 총리의 임명, 대통령의 승인이라는 절차를 거치지만 회원의 추천과 단체의 선택, 회원 투표를 통한 후보자 선출이 기본이다.